Yersin để lại nhiều ký ức sâu đậm tại Việt Nam,[67] nơi người dân trong vùng gọi ông cách thân mật là Ông Năm, theo cấp bậc Đại tá Quân y (quân hàm có năm vạch).[3] Tuy nhiên, theo Patrick Deville, người dân Xóm Cồn gọi Yersin như thế là do "ông có cái lon năm vạch mạ vàng trên bộ đồng phục trắng" khi ông còn là bác sĩ phục vụ trên tàu.[68]

Từ khi còn là một sinh viên trẻ tuổi theo học y khoa ở Marburg, Yersin đã tỏ lòng ngưỡng mộ David Livingstone, và nuôi hoài bão bước theo dấu chân của nhân vật nổi tiếng người Scotland sinh trước ông nửa thế kỷ.[70] Yersin đã dành trọn đời mình để thực hiện giấc mơ ấy. Patrick Deville, tác giả quyển ''Peste & Choléra'' đoạt giải Femina năm 2012, nhận xét rằng Yersin là "một tín đồ chân chính của Giáo hội Tin Lành vùng Morges và của tấm gương Livingstone, người cũng là bác sĩ, nhà thám hiểm, và mục sư".[68][71]

Năm 1891, khi đặt chân đến Nha Trang, Yersin yêu mến vùng đất này, và quyết định lưu trú tại đây. Ông viết cho Émile Roux, "Hãy đến đây với tôi, ông sẽ biết ở đây thú vị như thế nào, thời tiết không nóng nhiều, cũng không lạnh lắm, một khung cảnh thanh bình tuyệt đối và nhiều công việc cần làm."[72]

Ông sống gần gũi với cư dân trong vùng, và tận tụy giúp đỡ những ngư dân nghèo khó trong xóm chài nhỏ bé.[73] Ông sống trong một ngôi nhà cổ ba tầng, trên tầng thượng ông đặt kính thiên văn để quan sát báo bão cho làng chài.[3] Khi có bão, ông gọi dân làng đến trú ngụ ở nhà ông, và cung cấp thực phẩm cho họ.[74]

Yersin khám bệnh miễn phí cho người nghèo. Ông viết cho mẹ, "Mẹ hỏi con có thích ngành y không. Có và không. Con rất vui được chữa trị cho những người đến nhờ con khám, nhưng con không muốn biến y học thành một cái nghề, nghĩa là con sẽ không bao giờ có thể đòi một người bệnh trả tiền vì đã chữa bệnh cho người đó. Con coi y học là thiên chức, là mục vụ.[75] Đòi tiền để chữa trị cho bệnh nhân thì chẳng khác nào nói với người đó rằng: tiền hay mạng sống."[29][76]

Yersin trân trọng những đóng góp của các phụ tá người bản địa, yêu quý họ,[77] và quan tâm đến đời sống của họ.[78]

Ngoài vi khuẩn Yersinia pestis được đặt tên để vinh danh Yersin, có nhiều địa danh tại Việt Nam được đặt tên theo ông.

Tại Hà Nội[79], Đà Nẵng[80], Nha Trang[79], Đà Lạt[81],Thủ Dầu Một[82] và Thành phố Hồ Chí Minh đều có những con đường được đặt tên để vinh danh Yersin.

Tọa lạc bên trong khuôn viên viện Pasteur Nha Trang là Bảo tàng Alexandre Yersin, nơi lưu trữ nhiều kỷ vật của Yersin.[83] Công viên Yersin nằm dọc theo bờ biển Nha Trang, với tượng Yersin cao 4m, là một thắng cảnh của thành phố.[84] Phần mộ của Yersin tại Suối Dầu (cách Nha Trang 20 km) hằng năm có nhiều người đến viếng. Theo tập quán đối với người có công và được nhiều người yêu quý, người dân xây cho ông một miếu thờ.[85] Năm 1990, quần thể mộ Yersin ở Suối Dầu và bảo tàng Yersin ở Viện Pasteur Nha Trang được xếp hạng di tích lịch sử văn hóa cấp quốc gia; đây được xem là "trường hợp duy nhất nước Việt Nam cấp bằng chứng nhận di tích lịch sử cấp Quốc gia cho một người nước ngoài".[86] Làng Tân Xương ở Suối Dầu còn thờ cúng ông như một thành hoàng.[87]

Một ngôi trường - khởi công xây dựng năm 1927 và khai giảng năm 1935 - được đặt theo tên Yersin để vinh danh ông. Lycée Yersin (nay là Trường Cao đẳng Sư phạm) là một kiến trúc đẹp và độc đáo của Đà Lạt.[88][89] Tại thành phố này, cũng mang tên ông còn có Công viên Yersin,[90] và một ngôi trường thành lập năm 2004, Đại học Yersin.

Yersin được trao tặng Bắc Đẩu Bội tinh, huân chương cao quý nhất của nước Pháp.[91]

Năm 1934, sau khi Pasteur, Roux, và Calmette qua đời, Yersin - người cuối cùng trong nhóm Pasteur - được đề cử làm Giám đốc danh dự của Viện Pasteur Paris, và là ủy viên Ban Quản trị. Chức vụ này buộc ông mỗi năm phải về Pháp một lần để họp. Năm 1940, Yersin về thăm Pháp lần cuối cùng trước khi Đệ Nhị Thế Chiến bùng nổ.[29]

Tác phẩm ''Peste et choléra'' (Dịch hạch và thổ tả) của nhà văn Patrick Deville nói về cuộc đời của Yersin đoạt giải Femina năm 2012.[92] Hội Ái mộ Yersin, được thành lập năm 1992 với hơn 700 hội viên, với mục đích hoạt động giúp đỡ người nghèo và trẻ em khuyết tật cũng như truyền bá về thân thế và sự nghiệp của Yersin, là tổ chức phi chính phủ duy nhất ở Việt Nam nhận Huân chương Lao động.[93][94] Từ năm 2000, Lãnh sự quán Pháp tại Hồng Kông và Macau hằng năm cấp học bổng Alexandre Yersin cho sinh viên là cư dân tại hai lãnh thổ này của Trung Quốc đến Pháp tham gia chương trình cao học.[95]

Ngày 20 tháng 9 năm 2013, nhân kỷ niệm 150 năm ngày sinh của Yersin, Tổng công ty Bưu chính Pháp đã phối hợp với Viện Pasteur Paris, Viện Hàn lâm Khoa học Hải ngoại Pháp và Đại sứ quán Việt Nam tại Pháp tổ chức lễ phát hành hai mẫu tem chung Việt Nam và Pháp về Alexandre Yersin.[96][97] Ngày 22 tháng 9 năm 2014, nhân kỷ niệm 151 năm ngày sinh của Alexandre Yersin, tại Nha Trang diễn ra lễ công bố quyết định truy tặng "Công dân Việt Nam danh dự" cho Yersin, đồng thời tổ chức triển lãm bộ sưu tập tem "Bác sĩ Alexandre Yersin - người công dân danh dự Việt Nam".[98]